JOUR 1 (26/03/2024) Salle Lynn Margulis, Bâtiment Pôle AgroBioSciences, salle de conférence, 24 chemin de BordeRouge - Auzeville, 31320 Castanet-Tolosan
09h30 – 10h00: Accueil des participants
10h - 10h15: Introduction et présentation du 2nd workshop Modélisation du métabolisme
10h15 - 12h00 : Session 1 : Reconstruction du réseau métabolique, châssis du modèle mathématique
Chairman : Ludovic Cottret
10h15 - 10h45 : Keynote - Almut Heinken - The AGORA2 resource and its application to personalized modeling of the microbiome.
10h45 - 11h00 : Pablo Rodriguez-Mier - Joint inference of multi-condition specific metabolic networks with CORNETO
11h00 - 11h15 : Samuel Bertrand - Fungal genome-scale metabolic networks reconstruction – the view-point of a Natural Product chemist on specialized metabolism reconstruction
11h15 - 11h30 : Maximilian Stingl - OCMMED: Obtaining Cell-specific Metabolic Models through Enumeration with DEXOM
11h30 - 12h00 : Discussion sur les fronts de science en reconstruction de réseaux métaboliques
12h00 - 13h30: Pause déjeuner
13h30 - 15h00 : Session 2. Vers des modèles à complexité croissante
Chairman: Anne Goelzer
13h30 - 14h : Keynote - Simon Labarthe - Metabolic modeling of microbial communities with spatio-temporal models
14h00 - 14h15 : Chabname Ghasseminedjad - Logic and linear programming for seed identification in metabolic networks
14h15 - 14h30 : Kerian Thuiller - Inférence de règles de régulation métabolique à partir de séries temporelles
14h30 - 14h45 : Georges Radohery - Investigating the balance between grape berry yield and quality in response to environmental factor: A Multi-scale Modeling Approach
14h45 - 15h00 : Discussion sur les fronts de science en modèles à complexité croissante
15h00 - 15h45: Pause café
15h45 – 17h00 : Session 3 : Simulation des modèles métaboliques : outils & logiciels
Chairman: Caroline Baroukh
15h45 - 16h00 : Loïc Le Grégam - Développement d’un workflow computationnel pour la 13C-fluxomique
16h00 - 16h15 : Clément Frainay - Met4J: a toolbox for metabolic network graph-based analysis
16h15 - 16h30 : Gilles Curien - Application WEB ChloroKB et un Atlas quantitatif de la feuille d’Arabidopsis : Deux outils d’aide à la modélisation
16h30 - 17h00 : Discussion sur les outils utilisés, les limites rencontrées, les besoins émergents
19h30 : Repas au restaurant Monsieur Georges (20 Place Saint-Georges 31000 TOULOUSE)
JOUR 2 (27/03/2024) Salle Lynn Margulis, Bâtiment Pôle AgroBioSciences, salle de conférence, 24 chemin de BordeRouge - Auzeville, 31320 Castanet-Tolosan
9h00 - 10h00 : Session 4. Données expérimentales et modèles métaboliques : calibration & validation des modèles
Chairman : Pierre Millard
09h00- 09h15: Noémie Butin - Data-driven 13C-fluxomics towards ab initio reconstruction of metabolic networks
09h15 - 09h30 : Antoine Laporte - Study of the metabolism of Pinot Noir throughout its development accross different « Climats de Bourgogne » by the reconstruction of custom made metabolic networks
09h30 - 09h45 : Malo Le Boulch - The UNTWIST project: Top-Down and Bottom-Up modelling of Camelina sativa under thermal and water stress
09h45 - 10h00 : Nathaniel Polley - Integrative Inter-Assay Analysis of Metabolic Fingerprints Reveals Hidden Treatment-Specific Responses in Acute Myeloid Leukemia
10h00 - 10h15 : Discussion sur l’intégration de données de demain dans les modèles métaboliques
10h15 - 10h45: Pause café
10h45 - 12h45 : Session 5. Illustration de l’apport de la modélisation métabolique pour répondre à des questions de recherche biologique.
Chairman: Nathalie Poupin
10h45 - 11h15 : Keynote - Sophie Colombié - Nitrogen metabolism in the growth-defence trade-off highlighted by constraint-based modelling to compare fruit development across species
11h15 - 11h30 : Léo Gerlin - Métabolisme d’une bactérie symbiotique et besoins nutritionnels de son hôte : une question d’offre et de demande ?
11h30 - 11h45 : Maxime Mahout - Décomposition en EFMs des flux métaboliques des cellules en prolifération
11h45 - 12h00 : Jean-Charles Martin - La segmentation du métabolome en unité fonctionnelle par des méthodes multi-blocs permet une représentation allégée des systèmes métaboliques, une intégration multicritère et une interprétation biologique simplifiée
12h00 - 12h15 : Maëla Sémery - Intégration de données protéomiques dans un modèle métabolique à base de contraintes et prédiction des flux : applications chez la levure et le maïs
12h15 - 12h30 : Sarah Cherkaoui : Les cartes métaboliques personnalisées des cancers pédiatriques révèlent les vulnérabilités thérapeutiques propres à chaque type de tumeur
12h30 - 12h45 : Discussion sur les apports et limites de la modélisation métabolique pour répondre à des questions de recherche biologique
12h45 - 13h : Bilan et clôture du 2nd workshop Modélisation du Métabolisme